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十六年（癸未）先生四十二岁。
先是，佐办大计；至元旦，各省计册因警多未至，计典因不获举。先生叹息，谓「开国二百八十年来，至此一大变」！忧愤形于色。后计册渐至，手自披录。时上方欲申饬计典，督责部院甚严；先生上疏「请责成九卿台省先择其大贤、大不肖者听部院访核，庶可得其纲领」。二月，运河阻兵，疏请复海运。闻楚中流贼设伪官，踞荆、襄；即上「贼势叵测」疏。时台省中杨、廖方败，虑朝廷厌薄言路，又上「言官流品不清」疏。三月六日，帝从容忆及先生入都艰险状，召对文华殿，曲加慰谕；继询所历地方被兵情形，兼访剿贼策。先生条对称旨，赐茶饼，退。后即疏劾户部侍郎王正志「督饷山东，闻警辄移家避」；得旨速核。北骑还至边，京师解严，方举计典。四月二十八日，连上「大察」、「拾遗」诸疏，皆奉俞旨。时共掌科事者为吴公磊斋、塚宰为郑公元鹤，皆清正不阿，先生又虚心，不轻折人名爵；至平日盗虚名、负奥援者，则不得幸免焉。事竣，问遗莫敢及其门。
吏部吴昌时依附正人、窃声气，时方营入选司；适帝命台省敭历藩、臬后始入卿寺，昌时即借以讋慑。台省旧例：外转者二；昌时顿增至八。先生曰：『上意在练材，非外之也。余首篆，请身先之，可破重内轻外积见。然行之宜渐，不宜骤；恐骇观听，伤国体』。昌时阳唯唯应之。故事：台员升转，必由掌道牒送；昌时竟疏推六员。先生曰：『本朝掌故，自此隳矣』！遇昌时于朝，面叱其「招权骫法」，昌时又阳谢之；先生遂连疏言昌时奸邪状。举朝素慑昌时，见先生廷叱，皆咋舌走。时先生方以疏留掌院刘公为帝所忌，及闻累疏参驳，愈危之；然帝之疑昌时，亦自此始。廷臣黠者因群起共发昌时私，廷讯弃市。
计典既竣，例酬卿寺及台资列首者。先生以台例三差，缺一不可；至七月，乃具题上，随差刷南畿卷。乞休，不允。临行，再上三疏：一、抽丰游客；一、借贷富室；一、差役纵恶：皆切中当时大弊。帝览疏击节，命指其尤者。先生复以姓名上，并下于理。
八月十六日，出都。十月十三日，便道还家。值次兄德公丧，先生哭曰：『友爱，人之常情。吾兄每以明敏练达勖予不逮，爱我兼成我者，兄也；能不恸乎」！
十二月，东阳许都兵起；值会城巡抚未至、巡按已离境，人心惶惧。先生飞书留巡按，促巡抚返。巳乃亲冒风雪渡江，画方略；并荐司理陈公子龙监军，且密嘱曰：『收彼中大侠为用，以计召许都至会城正法』。先生入城，与当事共图固守，鼓励村落练乡兵；至贼就擒，乃罢。
十七年（本作「大清顺治元年」，此从王编原本）（甲申）先生四十有三岁。
春，病发抵家，疾益甚；具疏请休。三月初旬，闻请不允。二十六日，力疾赴南畿。至吴门，闻李贼犯京城急，或劝且引病观变；先生曰：『时危，则君臣之义愈切；引疾不在此时也』。遂兼程进。帝后既殉国，凶问至，北望号恸，遂绝口不言疾。
四月，福藩避乱至淮，序当立；先生亟同史公可法等至舟次迎入南都，谒孝陵，居内守备府（按「明史」「福王传」：『四月庚寅，称监国；壬寅称伪号』。「明史稿」本传云：『五月朔，福王谒孝陵。越三日，监国』。今从「明史」）。王召诸臣议战守策；先生曰：『战守固今日要事，然纪法为立国之本、人心为纪法之本。亟宜颁大赉，以固人心；涣大号，以明纪法』。侃侃数百言，听者竦然。诸臣援宋高宗故事，拟以王为「兵马大元帅」；先生曰：『监国，本朝故典也；何远引为』！议遂定。诸臣方上「监国」宝，而侍郎吕大器初主立潞王，及是惧祸，欲献媚，请以后日即正大位；先生抗言曰：『监国，名极正。今日监国，明日登极，事如儿戏，何以服人心、谢江北诸将士乎？且群帅劝表未至，即有忠如陶侃者，尚以不豫定策为耻；况其他乎！既监国，则君臣分定。请俟王德及人、诸帅推戴而国服亦满，斯时始议其仪，未晚也』。从之。又二日，疏陈致治大本，语甚剀切；王嘉纳之。是时群小欲以正位邀功，驾言史公阻挠有二心；史公惧，不敢坚主先生议。先生又上三事于阁臣：一
